Organizační struktura Vojenské zdravotní pojišťovny České republiky je vymezena "Organizačním řádem VoZP ČR".

Ústředí pojišťovny se sídlem v Praze,
pobočky pojišťovny se sídlem v Brně, Českých Budějovicích, Hradci Králové, Olomouci, Plzni, Praze, Ústí nad Labem,
expozitura v Liberci
jednatelství v Karlových Varech, Teplicích, Novém Boru, Pardubicích, Sázavě, Jihlavě, Zlínu a Ostravě.

Ústředí pojišťovny tvoří:

Pobočku pojišťovny tvoří:

►generální ředitel pojišťovny,
►zástupce generálního ředitele,
►ředitel kanceláře GŘ,

odbory:

►právní
►ekonomický,
►zdravotní politiky,
►informatiky,
►obchodně provozní.

►ředitel pobočky,

oddělení:

►právní,
►ekonomické,
►zdravotní péče,
►příjmu pojištěnců a registru,
►kontroly plateb pojistného,
►provozní

Organizační strukturu VoZP ČR dále tvoří expozitura a jednatelství